女性输卵管当作出治疗的决定时，对生育全面评估是很重要的。辅助生育技术（ART）和手术是治疗的两个主要选择，这里讨论的ART阶梯治疗包括开始为克罗米芬（CC）/人工受精（IUI）、进一步是促性腺激素/IUI、然后是体外受精胚胎移植（IVF-ET)。手术的选择包括子宫镜输卵管的成形术、腹腔镜粘连的分解、伞端整形术或输卵管的造口以及输卵管的复通。
输卵管损伤的类型与程度不同治疗的方法也不同，治疗方法的选择主要取决于患者的年龄、卵巢功能以及是否合并男性不孕的因素。输卵管功能的评估必须因人而异，丰富扎实的基本知识使得临床医生成功地选择运用各种治疗方案，在获得最大妊娠率的可能性同时，使病人情绪和财力压力降到最小。如果腹腔镜显示没有任何病理情况，根据先前治疗情况、当前实验室检查和患者的大胆或保守治疗意愿应当给予几个周期CC/IUI或促性激素/IUI；小的或轻微的子宫内膜异位症应当去除和/或切除，紧接着就如上述所说给予诱发排卵/IUI；如果发现有严重的子宫内膜异位症（3期或4期），病人应当直接行IVF-ET；如果成功行输卵管卵巢粘连分解，病人可先进行IUI，如果不成功，病人应当经IVF-ET以获得最高的妊娠率。较之手术，IVF可以给双侧输卵管多部位阻塞或者重度盆腔粘连的患者带来更多的益处。
绝大多数生殖手术都是在腹腔镜下完成的，和开腹手术相比，腹腔镜手术的风险比较低，术后疼痛比较轻，但是在腹腔镜手术中要注意对组织进行处理的过程中操作轻柔、止血充分、切除谨慎，并且最好使用锐器进行组织分离，避免应用电能或者激光，因为热损伤会加重组织的粘连，缝合技术也应该尽量少的应用，而在必须缝合时则应该选用质量好的不会引起不良反应的缝合材料，同时要尽量避免组织的挛缩，一般用双极电凝来止血。
输卵管近端阻塞的治疗
输卵管近端梗阻占女性输卵管疾病的10%至25%，近段输卵管梗阻的复通可采用宫腔镜下COOK导丝复通术或输卵管部分切除再吻合术，宫腔镜下导丝复通是通过宫腔镜下将COOK导丝插入输卵管间质部进行输卵管通液，通过导丝套管的分离、扩张作用及液体的冲击作用复通输卵管的间质部及峡部，手术操作简单，但费用较贵，约85%的近端输卵管阻塞可以通过近端导丝疏通得到解决，但术后妊娠率报道差异较大，12%-39%，宫外孕的发生率为2%-9%。如果不能进行导丝复通的患者，可以寻找梗阻部位进行输卵管部分切除吻合术。
输卵管中段梗阻的治疗
中段输卵管病变是指输卵管中间部位阻塞或缺失性改变，引起疾病的原因为输卵管妊娠与输卵管绝育，输卵管吻合术（tubal reanastomosis）是输卵管中段梗阻的常用手术方法，是在腹腔镜下切除输卵管阻塞部分并吻合输卵管两断端。国外报道输卵管吻合术的术后妊娠率为74%-81%，宫外孕发生率为4.8%。
远端输卵管阻塞的治疗
远端输卵管病变占输卵管性不孕的85%。远端输卵管阻塞的病因是盆腔炎和腹膜炎及先前的盆腹腔手术史。
（1）输卵管造口术
输卵管造口术（salpingostomy）是解决输卵管远端梗阻致不孕的常用方法之一。但是由于梗阻的输卵管常伴输卵管腔纤毛组织的严重破坏，及输卵管肌层蠕动能力的损伤，因此，术后妊娠率仅在30%左右，决定手术成功与否的因素除了操作技巧外还与输卵管的破坏程度有关。子宫内膜异位症、阑尾炎等形成的输卵管外部粘连，输卵管本身的纤毛细胞及粘膜皱褶未受损伤，术后妊娠率相对较高；相反，由衣原体、淋球菌或结核杆菌感染造成的输卵管梗阻，往往造成输卵管内膜的严重破坏，输卵管造口术的效果就比较差。
输卵管远端积水可分为薄壁与厚壁两种类型，前者虽积水很大，但因管腔纤维化不明显，因此术后伞端再生及活动能力较强，术后妊娠率也相对较高；而厚壁积水者因管壁增厚，纤维化明显，术后伞端再生能力减弱，妊娠率随之明显下降。
（2）输卵管伞成形术
输卵管伞端成形术（Fimbrioplasty）：这一部分内容是指那些还没有完全闭合形成积水的输卵管伞端粘连的分解或扩张狭窄的输卵管。相对来讲，这部分患者输卵管的损伤较完全闭锁或积水形成者明显轻微。因此，手术的效果也比较显著。如果没有明显的输卵管和卵巢周围粘连，分离后的伞端粘膜良好，80%以上的患者可在术后获得宫内妊娠。但如果输卵管与卵巢或周围组织形成致密的粘连，分离后创面巨大，则手术的预后较差，术后自然受孕率下降，宫外孕风险增加。当输卵管远端和近端阻塞同时存在，手术成功率为5%或更少。
女性输卵管（3）输卵管切除术
研究表明输卵管积水对体外受精－胚胎移植的有害作用，可能的作用机制是积水的输卵管中的毒素可以逆流进入宫腔，损害移植的胚胎。回顾性研究的分析表明输卵管积水患者体外受精怀孕的成功率是其它原因输卵管不孕患者的一半，怀孕失败率却加倍。为了提高移植的成功率，这种病人移植之前应该切除输卵管。然而，对于仅仅从子宫输卵管造影中可见积水的轻症病人来说切除是否必要尚无定论。输卵管切除的手术操作应紧贴输卵管管芯，避免损伤卵巢血供，影响卵巢功能，此外与IVF相关的输卵管积水处理方法有抽吸积水，输卵管造口术，近端输卵管结扎。
输卵管积水抽吸可以通过经阴道针在超声指引下抽吸来进行，在体外受精之前或者卵细胞回输的时候均可。这种方法的效能不详，积液也会在排水后重新累积，复发快。
输卵管造口术尤其适合年轻，输卵管积水轻的患者，她们通常不希望切除输卵管而丧失自然受孕的能力。当然，这有再次积水及术后宫外孕的风险。
（4）附件周围的粘连的处理
输卵管卵巢粘连松解术（salpingo-ovariolysis）：是指分解卵巢和输卵管之间以及一切附件周围的粘连。输卵管周围粘连干扰了输卵管的拾卵功能和配子运输功能，如果卵巢周围粘连形成，还会抑制卵子的排出。输卵管卵巢粘连分解术使累积妊娠率增加三倍,如果为轻度膜状粘连，则术后妊娠率良好（24个月，60%）,但是如果粘连致密，则结局很差,这些病人最好采取IVF。
阴阳平衡