病原体侵入人泌尿生殖系后,黏附到黏膜细胞表面定位繁殖,可穿入上皮细胞,支原体的致病力低,除产生神经毒素外,不产生剧烈的外毒素,它对细胞与器官的伤害,可能与其分泌有毒代谢产物有关。
病理改变与细菌性所致者相似,解脲脲原体围生期感染最易受累的脏器为胎盘组织,绒毛膜羊膜,胎儿和新生儿肺,脑基本的病理所见为急慢性炎症性病变。