1.皮肤炭疽必须和其他原因所致的皮肤损伤相区别如金黄色葡萄球菌所致的蜂窝织炎、痈等,一般都有明显的肿痛而无焦痂;牛痘所致皮肤损伤和皮肤炭疽非常相似,但往往是痛性的;羊天花(羊接触感染性深脓疱)以及挤奶人结节都是由副痘病毒感染所致,传染源分别为羊和牛,一般都没有水肿。另外,接种疫苗也能产生类似皮损,患者有近期接种史,一般发生在具T细胞缺陷患者;由于恙螨叮咬所致的恙虫病也具有焦痂,并不痛不痒,有附近淋巴结肿大,但皮损一般都位于如腹股沟、腋下、会阴、外生殖器等隐蔽部位。水疱或溃疡处病原学检查可确诊。
2.肺炭疽早期和一般上呼吸道感染相似,出现呼吸困难应与传染性非典型肺炎、钩端螺旋体病、肺鼠疫相区别,多通过流行病学特征以及病原学诊断相鉴别。
3.肠炭疽临床上似痢疾、伤寒或耶尔森肠炎,有时似急腹症,但其毒血症症状明显,大便或呕吐物培养结果可帮助鉴别。
4.炭疽性脑膜炎须与脑血管意外、其他病原所致脑膜炎鉴别,脑脊液涂片见粗大的呈竹节状的炭疽杆菌可确诊。
5.炭疽败血症尚应和其他细菌所致的败血症相区别。病原学检查可帮助确诊。