阴道横隔系胚胎期由泌尿生殖窦——阴道球向头端增生增长演变而成的阴道板，自下而上腔道化时受阻，阴道横隔未贯通或未完全腔化所致。常发生于阴道上、中1/3交界处，但亦发生于阴道任何部位，直到阴道顶端，接近宫颈。